A peine un million plus d’un million d’euros aux dires d’un cadre de cette structure régionale : « Les Etats membres (Comores, Madagascar, France-Réunion, Maurice et Seychelles) sont les seuls contributeurs au budget du Secrétariat général, soit environ 1 million d’euros annuels. A noter que le secrétariat a également reçu une subvention de la Chine, pays membre observateur, pour un montant de 100 000 dollars. »
Un budget de fonctionnement relativement faible face aux budgets gérés par la Commission : « Les partenaires au développement financent les projets que nous mettons en œuvre, l’Union européenne étant le premier contributeur, soit une part de 80% des financements dédiés aux projets. L’AFD est notre deuxième contributeur, suivi par la Banque mondiale, la Banque africaine de développement et d’autres financements moins importants sur des activités plus ponctuelles. »
Pour la période 2013-2017, la COI a géré une enveloppe de projets de l’ordre de 120 millions d’euros avec certains de ces projets couvrant une aire géographique dépassant le seul cadre des îles de la COI (à l’exemple du projet SmartFish).

Par ailleurs, le Fonds vert est appelé à prendre de l’ampleur dans les sources de financement de la COI qui vise l’accréditation pour devenir entité de mise en œuvre de projets financés par ce fonds.